شیر سویا نمی‌تواند جای شیر طبیعی معمولی را بگیرد. در مواردی که فرد به خوردن شیر معمولی حساسیت دارد و قادر به هضم آن نیست یا پزشک بیمار را از مصرف شیر منع کرده است، می‌توان از شیر سویا به عنوان مکمل استفاده کرد.